Reagenti per elettroforesi di DNA, RNA e proteine: come garantire separazione e visualizzazione delle biomolecole?

Al centro di ogni separazione riuscita: un gel ben impostato e il tampone giusto. La nostra selezione di reagenti per elettroforesi copre l’analisi di acidi nucleici e proteine: agarosio ad alta risoluzione, gel precolati (NA e PAGE), marker di peso molecolare, strip IEF (focalizzazione isoelettrica), coloranti/fluorofori, tamponi TAE (Tris–Acetate–EDTA)/TBE (Tris–Borate–EDTA), Tris-Glycine, MOPS(3-(N-morpholino)propanesulfonic acid)/MES(2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid) e additivi chiave (SDS dodecilsolfato di sodio, DTT ditiotreitolo, urea). Formulati per riproducibilità, sicurezza e prestazioni, accelerano i vostri workflow – dal controllo della PCR ai profili proteici complessi.

Quali reagenti per elettroforesi scegliere e per quale applicazione?

Per DNA/RNA, scegli l’agarosio, standard per le applicazioni di routine, oppure formulazioni low EEO/ad alta risoluzione per la separazione fine dei frammenti, con concentrazioni comprese tra 0,7 e 3% a seconda della dimensione dei frammenti. Agarosi specifiche possono essere utilizzate per applicazioni particolari. I tamponi TAE (migrazione rapida, recupero facilitato) o TBE (migliore risoluzione dei frammenti piccoli, maggiore capacità tampone) guidano la scelta del sistema di corsa; l’SB (borato di sodio) può essere impiegato per corse rapide ad alta tensione su gel di agarosio, in usi mirati.
Per le proteine, i gel PAGE (Laemmli, Bis-Tris, gradienti), in particolare i gel pre-cast, migliorano la riproducibilità e limitano la manipolazione di acrilammide non polimerizzata. In IEF, le strip IPG forniscono gradienti di pH immobilizzati e riproducibili, mentre gli anfòliti sono utilizzati come reagenti di supporto.
Per la rivelazione di DNA/RNA, privilegia alternative non mutagene all’EtBr in funzione del tuo sistema di imaging (ad es. SYBR® Safe, GelRed®, EmeralDye™). Per le proteine, usa la colorazione Coomassie o la colorazione argentica in base alla sensibilità richiesta. I marker di dimensione (DNA/RNA/proteine) fungono da riferimenti di migrazione.

Criteri chiave: dimensione o carica degli analiti, sensibilità, compatibilità di imaging (UV o luce blu), sicurezza e considerazioni ambientali.

Tipo	Principio	Applicazioni
Agarosio	Separazione di DNA/RNA in base alla dimensione dei frammenti in condizioni native	Controllo PCR, clonaggio, genotipizzazione, controllo qualità delle librerie NGS
PAGE (SDS/nativo)	Separazione delle proteine in base alla massa molecolare (SDS) o a conformazione/carica (nativo)	Profilo proteico, analisi di purezza, stima della massa molecolare
IEF (IPG)	Separazione delle proteine in base al punto isoelettrico (pI) su gradiente di pH immobilizzato	Proteomica, 2D-PAGE, analisi di isoforme

In quali ambiti di applicazione si utilizzano questi reagenti per elettroforesi?

• Scienze della vita: controlli PCR, clonaggio, genotipizzazione, controllo qualità delle librerie NGS.
• Farmaceutico/biotecnologico: caratterizzazione dei bioprocessi, purezza e aggregati tramite SDS-PAGE, focalizzazione isoelettrica (IEF) di anticorpi.
• Agroalimentare: tracciabilità del DNA, rilevazione OGM, controllo delle proteine allergeniche.
• Ambiente: fingerprinting del DNA ambientale (eDNA), biomarcatori, monitoraggio della contaminazione.
• Cosmetica/chimica: analisi di peptidi/proteine, controllo delle materie prime.
• Didattica/R&S: dimostrazioni didattiche, ottimizzazione dei protocolli.
• Controllo qualità: verifica dei lotti e confronti inter-lotto con marcatori e gel precolati per un’eccellente riproducibilità.

Reagenti e consumabili per l'elettroforesi disponibili

Agarosio per elettroforesi

Domande frequenti sui reagenti per l'elettroforesi

Qual è la differenza tra TAE e TBE per il DNA?
TAE consente corse più rapide e facilita il recupero; TBE offre una migliore risoluzione dei frammenti piccoli e una capacità tampone più duratura.

Quale percentuale di agarosio scegliere?
0,7–1% per frammenti grandi; 1,2–1,5% per 0,5–3 kb; 2–3% per frammenti piccoli. Regolate in base alla velocità di corsa desiderata e alla risoluzione richiesta.

I gel precollati valgono la spesa?
Sì, se puntate a riproducibilità, risparmio di tempo e maggiore sicurezza. Ideali per QC e ambienti regolamentati.

Come migliorare la sensibilità nella rilevazione delle proteine?
Usate Coomassie G-250 per rapidità, colorazione argentica per ultrasensibilità oppure coloranti fluorescenti se disponete di un sistema di imaging compatibile.

EtBr o alternative?
Il bromuro di etidio (EtBr) è un colorante per DNA molto sensibile, ma è mutageno e richiede visualizzazione sotto UV, con implicazioni di sicurezza e smaltimento. Esistono alternative non mutagene da scegliere in base al tipo di eccitazione e al sistema di imaging disponibile. I coloranti a emissione verde, come SYBR® Safe, sono compatibili con l’eccitazione a luce blu, consentendo una visualizzazione senza UV e limitando i danni al DNA. I coloranti a emissione rossa, come GelRed®, offrono un’ottima sensibilità, ma sono eccitati principalmente dai raggi UV. Soluzioni più recenti, come EmeralDye™ (OwiBio), combinano i vantaggi di entrambi gli approcci: elevata sensibilità, compatibilità con eccitazione a luce blu o verde e maggiore sicurezza d’uso, restando adatte alle applicazioni downstream (estrazione, clonaggio, NGS). Quando possibile, è preferibile optare per alternative all’EtBr, tenendo conto della sensibilità richiesta e del sistema di imaging disponibile.

Come scegliere un marcatore di peso molecolare?
Scegliete una ladder che copra il vostro intervallo; preferite versioni precolorate per PAGE se necessario; e verificate la compatibilità con il vostro sistema di rilevazione (UV/fluorescenza).

Consigli per IEF con strip IPG?
Idratate correttamente, usate anfòliti adeguati, evitate il surriscaldamento e conservate le strip IPG al riparo dall’umidità e da cicli ripetuti di congelamento/scongelamento.